Visi Yayasan Kanisius adalah menjadi pendidik anak Indonesia agar cerdas, berkarakter, peduli terhadap sesama dan lingkungan. Dengan visi yang demikian, maka misi yang dimiliki Yayasan Kanisius adalah menyelenggarakan pendidikan sekolah dasar dan menengah yang berkualitas, berlandaskan Paradigma Pedagogi Reflektif (PPR) dan mengoptimalkan sumber daya bersama mitra strategis.